Æneselvi er verna i verneplan IV, 1993. Vassdraget har sine kjelder i den vestlege delen av Folgefonna og renn nordvestover til utløp på austsida av Hardangerfjorden ved Ænes.  Hovudelva har sitt utspring i eit vatn som ligg  ved foten av brekappa. Elva går herfra i kraftige stryk nordover til Rundavatnet. Vidare nedover fell hovudelva kraftig ned mot Ænesdalen, unntatt eit lite flatt parti der Vatnastølsvatnet ligg i ei utviding av den relativt tronge dalbotnen. Mellom 80 og 140 m.o.h. renn elva forholdsvis roleg i botnen av den mektige Ænesdalen der fjella på begge sider når opp i ca. 1000 m.o.h. Her har elva eit parti med meandrar. På den siste strekninga til utløp i fjorden går den på nytt i kraftige stryk.

Busetnaden er konsentrert til området rundt utløpet i fjorden. Her krysser fylkesvegen vassdraget. Eleveløpet nord for riksvegen er delvis forbygd. Det er bygd veg inn til Ænessetra på elvesletta 100 m.o.h. Setra er i dag nedlagt, men området rundt er framleis beite og slått.

Beggrunnen er einsarta av granittiske, tungt forvitrerlege bergarter. I dalbotnen ligg ein høg lausmasseterasse som elva har skore seg gjennom. Elvesletta i midtre delar av Ænesdalen er ei av dei breiaste som finst i vestlandske kystvassdrag.

Æneselvi er brepåverka og inneheld dei fleste landskaps- og vegeasjonstypar ein kan forvente sjølv om frodigare typar er svakt representert. Vassdraget er av dei minst påverka av dei brepåverka vassdraga frå Folgefonna. Samla har vassdraget stor naturfagleg verdi.

Dalbotnen sin lengdeprofil er prega av tersklar og trau. I eit par av traua ligg det vatn, men det er ei rekkje basseng i dalbotnen som er fylt opp av lausmateriale. Opp til marin grense er det store breelvavsetningar som no står fram som terrassar. Det finst også ei rekkje lågareliggjande terrasserestar. Botnmorene og moreneryggar finst i feltet. Geofaglege former, både glasiale og resente, er rikt representert. Dei fluviale, aktive prosessane er svært instruktive.

Fleire gravhaugar og gravfunn syner ei etablert jorbruksbygd på Ænes allereie i jarnalderen. Ved Ænessetra ligg tufter og åkerreiner som kan vere spor etter busetnad i jarnalder og mellomalder. Ænes kyrkje er ei steinkyrkje frå 1100-talet. Det er kulturminne og kulturlandskap knytt til gardar ved fjorden og seteranlegg i Ænesdalen og på Vatnastølen. Ænessetra har godt bevarte gamle bygningar. Ænes var handelsstad frå 1845, og her står ein gammal butikkbygning. Det har vore sagdrift i elva sidan 1600-talet. Sagbruka langs nedre delar av elva vart etablert på slutten av 1800-talet. På det største anlegget, Ænessaga, står enda vasshjul og turbin samt restar av vassrenne frå den tida saga var vassdreven. Ein gammal ferdselsveg går mellom Ænes og Mel.

Området har interessante kulturminne frå eit langt tidsrom. Særleg er mellomalderkyrkja eit verdifullt kulturminne. Kulturminne og -landskap har kulturhistoriske verdiar i lokal og til dels regional samanheng.

Vassdraget har store opplevingskvalitetar med kontrastar som går frå fjord til blåis og frå frodig skog til stupbratte fjell. Tilkomsten til dalen er svært god, og den eignar seg difor til ei rekkje aktivitetar. Det er først og framst folk frå Kvinnherad som bruker vassdraget, men også folk frå regionen for øvrig. Vassdraget er viktig både som nær-, dags- og helgeturområde. Spesielt Vatnastølsvatnet er framheva som eit viktig turmål og fiskevatn, og vert brukt både til dags- og helgeturar.